回歸
清華物理系新館3層有一面院士墻，上面掛滿銘牌，記載著自葉企孫時代以來每一位出自物理系的兩院院士名字，迄今共有84人。當前，清華物理系擁有在職院士9名，是全校擁有院士最多的一個系。
以1979年經濟管理學院的重建為標準，此后20年，清華開始陸續恢復人文社會學科，而學校的定位也隨之再次發生轉變。1993年夏，方惠堅在清華大學中層干部會上，提出要將“建設世界一流大學”作為清華今后的目標，得到大家一致贊成。而這一目標，很快就隨著“985”工程的實施而上升為國家意志。
1998年5月4日，時任國家主席江澤民在北大百年校慶上宣布：“為了實現現代化，中國要有若干所具有世界先進水平的一流大學。”此后，清華和北大得到了來自中央政府“3年18個億”這一力度空前的經費支持。同時，清華校方也提出了“綜合性、研究型、開放式”的辦學思路。
在此背景之下，清華物理系也迎來了重建后真正的春天。為了物理系良性的、長遠的發展，2002年，時任清華校長的王大中請來4位國際知名科學家對物理系進行評估。這4位學者分別是諾貝爾物理獎得主楊振寧、加州伯克利分校的沈元壤、香港科技大學的沈平與斯坦福大學的沈志勛。幾經調研，四人提交了一份極具分量的評估報告。
“他們并沒有客氣，而是直截了當地提出了許多建議與意見。比如，他們認為，物理系對教學的投入是不夠的，并明確指出，即使是研究型大學，也應當把教學放在第一位。”朱邦芬告訴《中國新聞周刊》。四位學者還在報告中指出：雖然清華物理系發展迅速可喜，但與國際一流水平仍有距離，也還隱藏著一些嚴重問題。
因此，當朱邦芬于2003年出任物理系主任后，第一件事便是在全系加強教學工作，為此全系教授大會表決通過了“關于加強教學工作的決議”，規定所有65歲以下、既做科研又擔任教學任務的老師，要在兩年內上滿3門課。
“大學教授的本職工作是要給學生授課，少上一門課要罰款4萬元。我身為系主任，按規定可以少上一門課，但我并沒有減少自己的課程。當時有一位老師，還是院士，沒有完成任務就被罰了款。”朱邦芬回憶說。
而更富有含義的一個舉措，是物理系開始進行體制改革，成為全校率先恢復“教授治學”的院系之一，具體做法即與教學和科研相關的所有重大決策必須得到系教授大會和全系職工大會的批準和同意。
“我們想強調的是，在學術領域，學術權力要比行政權力大。而這正是老清華時期的做法，我們其實是在恢復過去一些好的傳統。”朱邦芬說。他還舉例解釋說，無論是全國優秀博士論文的評選，還是引進人才和經費分撥，他即使身為系主任都無權干涉，皆由教授大會下面的各個專門委員會集體決定，很多決策都是當場投票表決。
2010年，物理系又進行了第二次國際評估。這次評估肯定了物理系在推行“教授治學”方面取得的進步，并指出“現在如果以國際標準來評估，清華物理系的科研實力已可與美國中上級大學媲美。而本科生的素質，更是與美國頂尖大學相比也毫不遜色”。
“清華物理系在近20年尤其是近10年的發展可謂突飛猛進，我相信再有10年，我們將接近國際上的最好水準。”朱邦芬說。
