在羅家倫之后，清華經歷了一年多沒有校長的“真空時期”，說它“真空”，并非說它真的沒有校長，而是后來的兩位校長都不被清華師生所接受，先后被驅走，這一年多管理學校的，實際上就是教授會(及教授會所產生的評議會和校務委員會)，直到1931年梅貽琦校長到任。
接替羅家倫當清華校長的，是喬萬選。他是由正占領北平的閻錫山派來的。說起喬萬選，其實也是個出身正路的學者，他是清華1923年畢業生，美國哥倫比亞大學法學博士，回國后任過東吳大學法學院教授、中央大學法學院副教授等職。當然，他與閻錫山的關系也非同一般，不但是閻的老鄉，而且也是他的幕僚。
清華大學的教授們不喜歡喬萬選并非是出于對他個人的什么好惡，而是對政治勢力干涉校務一向反感。1930年6月25日，喬萬選前來上任，竟是帶了閻錫山軍隊數車的士兵前來壓陣。而清華的學生們毫不示弱，打起“拒絕喬萬選”的大旗，在校門口組織糾察隊阻止喬萬選進校。喬萬選最終知難而退。
事后，清華校務委員會致電閻錫山：學生純出于愛校熱忱，其心無他，而目前校務已由校務委員會維持，不受影響。兩天后，清華教授會也發布宣言表態：一、“校長自應由正式政府主持教育之機關產生，若任何機關皆可以一紙命令，任用校長，則學校前途，將不堪設想。二、愿學校行政，亦能走出政潮，獨立進行，俾在兵戈擾攘之中，青年尚有一安心求學之處。”
閻錫山再也沒敢選派新校長前來清華。
又過了9個月，此時中原大戰已經結束半年，蔣介石掌握的國民政府又控制了北平。清華校長的人選問題又擺在面前。
這一次，親自兼任國民政府教育部長的蔣介石選中國民黨中央政治學校副主任吳南軒來做清華校長。吳南軒，復旦大學畢業后，留美10年，回國后擔任過河南大學校長等職，也算是學人出身。
但是在清華教授們的眼中，吳南軒并無學術地位，加上他與國民黨政府的關系，教授們對他并無好感。4月，吳南軒進校后，他公開宣布他的使命是“為黨國培養人才”，專斷獨行，反對教授治校的制度，很快就與教授會產生尖銳分歧。
5月28日，教授會根據薩本棟、金岳霖、楊武之等15位教授的聯名要求，召開臨時會議，通過決議，譴責吳南軒“惟務大權獨攬，不圖發展學術，加以蔑視教授人格，視教授如雇員”，要求教育部“請另簡賢能”。第二天，清華學生會也召開全體學生大會，表示堅定支持教授會決議。學生們還整隊至校長住宅，請其即時離校。
在清華的一片反對聲中，吳南軒帶了清華的印信，逃到了市區的東交民巷“遙控辦公”，但最終還是沒有撐過去，在6月25日離開了北平。
這之后，南京的國民政府也不敢隨便派人擔任清華校長。
吳南軒走后，南京教育部曾委派翁文灝“暫代校務”，翁以兼職太多一再推辭，教育部又轉派理學院院長葉企孫處理校務。在葉企孫按學校規定學術休假去德國后，清華教授會就向南京教育部索取了選舉代理院長、代理教務長、秘書長的臨時權力，在很罕見的沒有校長的一年多時間里，清華大學的教授治校體制就這樣合法化并固定下來。
